急性中耳炎は急性炎症がおさまって痛みや鼓膜の発赤がなくなってきても、耳管機能の回復はまだ完全ではないため、中耳の中の分泌物（貯留液）が吸収されずにしばらく残っています。このような状態が長期にわたって持続しているのが滲出性中耳炎です。急性中耳炎のような痛みや発熱もないため、家族はもちろんのこと、乳幼児や小児では本人も病気に気づきにくいのが特徴です。
中耳の中は通常は極めてきれいな環境で、粘膜からの分泌物なども耳管から排出されています。ところが炎症がくすぶっていると、耳管機能の働きが鈍くなり、中耳内が陰圧になって血液中の水分などもしみ出てきます。
乳幼児や小児の場合、急性中耳炎の治療を途中でやめてしまったり、あるいは十分な治療効果が得られず中耳や耳管の炎症が遷延することにより、中耳の貯留液が長期間排泄されずに滲出性中耳炎に移行することがよくあります。
鼻炎や副鼻腔炎などで鼻の病気があるとか、喉の炎症がまだくすぶっているといったリスクファクターがあれば、さらに滲出性中耳炎に移行しやすくなります。
アデノイドが大きいこともリスクファクターのひとつです。アデノイドが大きいことによって、耳管咽頭開口部がふさがれてしまって滲出液が排出されにくくなります。アデノイドが大きいことで鼻が詰まってしまい、その結果副鼻腔炎（蓄膿症）を起こすと、細菌を多量に含んだ黄色い鼻水が喉に回って上咽頭炎を起こし、耳管咽頭開口部を経由して中耳に波及することが知られています。中耳粘膜が炎症を起こすとそこから分泌物がたくさん出ますから、滲出性中耳炎にかかる可能性が高くなります。小児におけるアデノイド増殖症と同様なメカニズムで成人では上咽頭癌の時に滲出性中耳炎がみられます。
特に小児において、口蓋裂があると滲出性中耳炎が生じやすいこともよく知られています。口蓋裂には完全裂、粘膜下口蓋裂、両側裂などがありますが、どのタイプであっても滲出性中耳炎の生じやすさは変わりません。口蓋裂では嚥下時に耳管を開く筋肉の低形成や走行異常があるため、耳管咽頭開口部の開口障害が起こるためだと考えられています。