慢性化膿性中耳炎の主な自覚症状としては、
・難聴（中程度～高度）
・耳閉感
・耳鳴り
・耳だれ
などですが、これらが全て出るわけではありません。
急性憎悪期には粘液性または膿性の耳だれが生じます。肉芽を伴う場合は血性の耳だれが見られることもあります。炎症が強くなると耳痛や発熱を伴うこともあります。耳だれが多くなってくると、耳閉感も強く、耳鳴りも大きくなってきます。
難聴の程度は鼓膜にあいた孔の大きさ、中耳腔の粘膜の状態、耳小骨の状態などによって異なります。
慢性化膿性中耳炎は炎症が中耳の奥のほうでくすぶり続けている状態ですが、その炎症が内耳にまで及んで内耳障害を起こすと、治すことの難しい感音性難聴が加わることで難聴が更に進みます。伝音難聴では低音域が聞こえにくくなることが多くみられますが、感音難聴では高音域も聞こえなくなります。
慢性化膿性中耳炎は、鼓膜の孔や耳管経由で感染を起こして、急性憎悪（活動期）となります。急性憎悪になると膿性の耳だれが多量に出てきます。それが乾燥して外耳道に付着したり鼓膜に付着したりすると、違和感が強くなります。